前辅文
第一章 原核生物系统分类学发展更
第一节 原核生物系统分类学简介
一、系统学与分类学
二、分类学三要素
三、分类系统和鉴定标准
第二节 原核生物系统分类学发展史
一、前基因组时代
二、基因组时代
三、后基因组时代
第三节 我国原核生物系统分类学发展史
一、形态和生理生化分类时代
二、多相分类方法的建立时代
三、多相分类发展时期
第二章 原核生物分类监定流程
第一节 菌株的分离
一、微生物分离培养的传统方法
二、微生物分离培养的新型方法
第二节 待鉴定菌株的选择及系统发育树的构建
一、根据16S rRNA基因相似性选择
二、根据比较基因组分析结果选择
三、系统发育树的构建
第三节 多相分类
一、形态学特征
二、生理生化特征
三、细胞化学特征
第四节 其余流程
一、序列上传
二、菌株的保藏
三、菌株的命名
四、新分类单元的发表
第五节 原核生物系统分类学经典工具书——“伯杰氏手册”
一、“伯杰氏手册”的历史
二、伯杰氏国际微生物系统学学会
第三章 细菌和古菌的分离培养
第一节 细菌和古菌分离培养的一般步骤
一、环境样品采集
二、培养基准备
三、样品预处理
四、梯度稀释
五、样品稀释涂布
六、菌落挑取
七、微生物保存
八、DNA提取
九、PCR扩增及测序
第二节 极端生境细菌和古菌的分离培养策略
一、高温环境
二、千旱环境
三、盐碱环境
四、酸性环境
五、低温环境
六、厌氧原核生物
第三节 细菌和古菌的分离培养新方法
一、基于膜扩散的方法
二、微流控技术
三、细胞分选技术
第四节 多组学指导下的细菌和古菌的分离
第四章 形态学特征
第一节 常用的显微镜
一、普通光学显微镜
二、相差显微镜
三、荧光显微镜
四、激光扫描共聚焦荧光显微镜
五、原子力显微镜
六、透射电子显微镜
七、扫描电子显微镜
第二节 细菌和古菌的细胞形态观察
一、普通光学显微镜下对细菌和古菌细胞形态的观察
二、扫描电子显微镜下对细菌和古菌细胞形态的观察
三、透射电子显微镜下对细菌和古菌细胞形态的观察
第三节 放线菌的细胞形态观察
一、放线菌的形态
二、放线菌的培养特征实验
三、采用埋片法观察放线菌的形态
第四节 特殊结构的观察
一、革兰氏染色
二、鞭毛染色
三、芽孢染色
四、荚膜染色
第五章 生理生化特征
第一节 常规生理生化特征
一、pH耐受
二、温度耐受
三、盐浓度耐受
四、细胞游动性
五、碳氮源利用
六、氧化酶检测
七、过氧化氢酶检测
八、纤维素酶检测
九、淀粉酶检测
十、脲酶检测
十一、脂酶检测
十二、明胶液化检测
十三、牛奶凝固与胨化检测
十四、硝酸盐还原检测
十五、产硫化氢检测
十六、抗生素敏感性检测
十七、抗菌活性检测
十八、厌氧菌电子受休检测
十九、厌氧菌产有机酸及醇类检测
第二节 Biolog鉴定系统
一、常用Biolog微孔板介绍
二、检测方法
第三节 API鉴定系统
一、常见的API试纸条介绍
二、操作步骤
第六章 细胞化学特征
第一节 极性脂分析
一、细菌极性脂的分析
二、古菌极性脂的分析
第二节 脂肪酸分析
一、菌株的培养与收集
二、提取技术
三、检测条件
四、报告分析
五、结果展示
第三节 肽聚糖分析
一、全细胞壁氨基酸的分析
二、纯细胞壁氨基酸的分析
第四节 呼吸醌分析
一、主要仪器与试剂
二、醌样品的制备
三、高效液相色谱(HPLC)检测
四、结果分析
第五节 全细胞水解糖分析
一、薄层层析法
二、液相色谱法
第六节 枝菌酸分析
一、菌株的培养与收集
二、枝菌酸的提取
三、枝菌酸的检测
四、结果分析
五、其他方法
第七节 多胺的检测
一、实验方法
二、检测条件及方法
第七章 分子生物学特征
第一节 DNA的提取及纯化
一、酶法小量提取DNA及DNA的纯化
二、Chelex裂解法提取DNA
第二节 16S rRNA基因的扩增
第三节 琼脂糖凝胶电泳
第四节 16S rRNA基因的TA克隆
第五节 16S rRNA基因序列的拼接
第六节 16S rRNA基因序列同源性分析
一、基于EzBioCloud进行16S rRNA基因序列同源性分析
二、基于NCBI进行16S rRNA基因序列同源性分析
第七节 基于16S rRNA基因序列的系统发育树的构建
第八节 DNA指纹图谱技术
第九节 基因组测序及分析
一、基因组DNA提取与准备
二、基因组文库的构建
三、基因组测序技术
四、测序数据处理
第十节 基因组相关性指数分析
一、dDDH分析
二、ANI/AAI分析
三、POCP分析
第十一节 基因组树的构建
一、基因组树构建的一般步骤
二、GTDBTk的使用方法
三、EasyCGTree的使用方法
第八章 序列上传及菌种保藏
第一节 序列的上传
一、标记基因的上传
二、原核生物基因组序列提交
第二节 菌种的保藏
一、菌种保藏中心发展历史
二、菌种保藏中心现状
三、我国菌种保藏中心现状
四、菌种的保藏及保藏号的获得
第九章 命名法规与方法
第一节 传统命名法规
一、ICNP发展历程
二、命名法规的基本原则
三、ICNP存在的问题
第二节 SeqCode命名法规
一、SeqCode的发展过程
二、SeqCode与ICNP的区别与联系
三、基于SeqCode的合格命名
四、SeqCode存在的问题
第三节 名称的书写规范和创建方法
一、学名的基本形式
二、命名的基本原理
三、拉丁语基本语法
四、如何呈现新名称及其词源
五、批量创建属名